التحاقه بالسياسة
كان فتحي الشقاقي قبل العام 1967 ذا ميول ناصرية، ولكن هزيمة العام 1967، أثرت تأثيراً بارزاً على توجهات، حيث قام بالانخراط في سنة 1968 بالحركة الإسلامية إلا أنه اختلف مع الإخوان المسلمين، وبرز هذا الخلاف بعد سفره لدراسة الطب في مصر عام 1974 م فأسس ومجموعة من أصدقائه حركة الجهاد الإسلامي أواخر السبعينيات. اعتقل في مصر في 1979 بسبب تأليفه لكتابه «الخميني، الحل الإسلامي والبديل»، ثم أعيد اعتقاله في 20/7/1979 بسجن القلعة على خلفية نشاطه السياسي والإسلامي لمدة أربعة أشهر. غادر مصر إلى فلسطين في 1/11/1981 سراً بعد أن كان مطلوباً لقوى الأمن المصرية.
قاد بعدها حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين وسجن في غزة عام 1983 لمدة 11 شهراً، ثم أعيد اعتقاله مرة أخرى عام 1986 وحكم عليه بالسجن الفعلي لمدة 4 سنوات و5 سنوات مع وقف التنفيذ: لإرتباطه بأنشطة عسكرية والتحريض ضد الاحتلال الإسرائيلي ونقل أسلحة إلى القطاع" وقبل أنقضاء فترة سجنه قامت السلطات العسكرية الإسرائيلية بإبعاد من السجن مباشرة إلى خارج فلسطين بتاريخ 1 أغسطس (آب) 1988 بعد اندلاع الانتفاضة الفلسطينية. تنقل بعدها الشقاقي بين العواصم العربية والإسلامية إلى أن اغتالته أجهزة الموساد الصهيوني في مالطا يوم الخميس 26/10/1995 وهو في طريق عودته من ليبيا إلى دمشق بعد جهود قام بها لدى العقيد القذافي بخصوص الأوضاع الفلسطينية على الحدود المصرية.
و يعتبر الشقاقي المسؤول العسكري لحركة الجهاد الإسلامي وينظر إلى الداعية عبدالعزيز عودة على أنه الزعيم الروحي للحركة، حيث يتمتع الداعية عبدالعزيز عودة بشخصية دمثة وجذابة ولديه قدرة فائقة على الوعظ والخطابة. وكان عبدالعزيز عودة من الشخصيات الدينية التي تحظى بالاحترام. و يعتبر كل من الشقاقي وعودة الزعيمين الرئيسيين لحركة الجهاد الإسلامي. ويأتي قادة الجهاد من الجيل الإسلامي الجديد، فهم شبان في الثلاثينات أو أوائل الأربعينات من العمر. وكان مؤسسو الجهاد الأوائل من أمثال الشقاقي وعودة من أصحاب الكفاءات.
وقد صدرت في القاهرة عن مركز يافا للدراسات موسوعة بأعمال فتحي الشقاقي السياسية والفكرية والثقافية تعكس شخصية فتحي الشقاقي وآرائه ومواقفه.